SP3をインストールしようとすると、新垢、旧垢、adminの3つ全ての環境において、以下のような不具合が発生。
・インストールは完了するが、次のステップのレジストリの更新で「アクセスが拒否されました」と言われ、インストールが失敗する。
・続いて一部機能はインストールしたため、不安定になる可能性があるなどと脅される。
なんと、この解決方法はMS公式に記載されておりました。
http://support.microsoft.com/kb/949377/1.
Subinacl.exeをダウンロードして、インストール。
2.以下のようなバッチファイルを作成、実行。
(Subinacl.exeのパスなどは各自の環境でそれぞれ設定してください。)
cd /d "%ProgramFiles%\Windows Resource Kits\Tools"
subinacl /subkeyreg HKEY_LOCAL_MACHINE /grant=administrators=f /grant=system=f
subinacl /subkeyreg HKEY_CURRENT_USER /grant=administrators=f /grant=system=f
subinacl /subkeyreg HKEY_CLASSES_ROOT /grant=administrators=f /grant=system=f
subinacl /subdirectories %SystemDrive% /grant=administrators=f /grant=system=f
subinacl /subdirectories %windir%\*.* /grant=administrators=f /grant=system=f
secedit /configure /cfg %windir%\repair\secsetup.inf /db secsetup.sdb /verbose
3.少々時間がかかります...
4.完了したら、普通にSP3インストーラを実行。
5.特に問題もなくインストールが完了するはず。

これで、.NET Framework 3.5もインストールできてしまうわけですね。
因みに、今回のuxtheme.dllの書き換えは、
PatchXP SP3を利用。